माना जाता है कि इसे 725-756 ईस्वी के बीच बनाया गया था, मंदिर की नींव लगभग 370-500 ईस्वी पूर्व की है, कुछ लोगों ने मंदिर के निर्माण का श्रेय राजा रणदित्य को दिया, जिन्होंने 223 ईस्वी के आसपास कश्मीर पर शासन किया था।
मुख्य मंदिर के चारों ओर छोटे पैनलों के निर्माण का श्रेय उनकी पत्नी रानी अमृतप्रभा को जाता है। ऐसा माना जाता है कि राजा रणदित्य ने बाबुल नामक शहर में अपने शाही महल के सामने मार्तंडेश्वरी मंदिर का निर्माण कराया था।
कुछ का यह भी मानना है कि मार्तंड सूर्य मंदिर की नींव 370 और 500 ईस्वी के बीच रखी गई थी तथा कुछ का दावा है कि समाधिमती आर्यराजा (35 ईसा पूर्व) ने मार्तंड सूर्य मंदिर का निर्माण किया था।
विध्वंस:-
15वीं शताब्दी की शुरुआत में सिकंदर बुतशिखान के शासन के दौरान मार्तंड सूर्य मंदिर को नष्ट कर दिया गया था, जो हिंदुओं के इस्लाम में जबरन धर्मांतरण के लिए जिम्मेदार था। उसे ‘सिकंदर द इकोनोक्लास्ट’ या सिकंदर बुतशिकन भी कहा जाता था।
वह कश्मीर के शाह मिरी राजवंश का छठा सुल्तान था। उसने 1389 से 1413 के बीच शासन किया।
यह सिकंदर शाह मिरी था जो हिंदू मार्तंड सूर्य मंदिर के विनाश और अपवित्रता के लिए जिम्मेदार था। कहा जाता है कि मार्तंड सूर्य मंदिर को नुकसान पहुंचाने के लिए उसे एक वर्ष का समय लगा। कई इतिहासकार यह मानते हैं कि उसने मंदिर के अंदरूनी हिस्से को लकड़ी से भरकर उसमें आग लगाने का आदेश दिया था।
सिकंदर बुतशिकन धार्मिक रूप से कट्टर था। सूफी संत, मीर मोहम्मद हमदानी ने उसे तत्कालीन बहुसंख्यक आबादी पर अपराध करने के लिए प्रभावित किया, हिंदुओं को उसने बलपूर्वक इस्लाम में परिवर्तित करने के लिए एक रणनीतिक कदम उठाया।
परिणामस्वरूप, कई हिंदुओं को बड़ी संख्या में इस्लाम धर्म अपनाने पर विवास होना पड़ा। सिकंदर बुतशिकन के वंशज अब कश्मीर में रहते हैं और खुद को मुसलमान के रूप में पहचानते हैं। जिन्होंने इस्लाम कबूल करने से इनकार किया या तो कश्मीर से भाग गए या मारे गए। यह 90 के दशक में कश्मीरी पंडितों के सामूहिक वध से बहुत अलग नहीं था।